معاونت پژوهشی دانشگاه شاهد چشم انداز پژوهشی خود را بر این اساس قرارداده است که:
دانشگاه شاهد مصمم است در تولید و گسترش مرزهای علم نافع، انجام پژوهش های کاربردی و فناورانه، ارتقای سطح و اثرگذاری پژوهش‌ها در رفع نیازهای جامعه و امت اسلامی، کسب مرجعیت در حوزه های منتخب علم و فناوری و نقش آفرینی در تحقق اقتصاد دانش بنیان، انگیزه بخش و سرآمد باشد. وجود ۹ دانشکده، 12 واحد پژوهشی، ۲ مرکز رشد، ۱ مرکز نوآوری، بیش از ۲۵ آزمایشگاه پژوهشی و فعال بودن ۱۸۰ رشته-گرایش تحصیلی زیر مجموعه دو وزارت علوم، تحقیقات و فناوری و وزرات بهداشت درمان و آموزش پزشکی، دانشگاه شاهد را به عنوان تنها دانشگاه جامع کشور، منحصر به فرد نموده است.
در این زیست‌بوم علم و فناوری دانشگاه جامع شاهد، تولید دانش و فناوری توسط مجموعه‌ای از سرمایه‌های انسانی گرانقدر این دانشگاه از اساتید به نام، دانشمندان ۱% برتر دنیا و فناوران برتر تا دانشجویان تحصیلات تکمیلی و کارشناسی صورت می‌پذیرد. کتابخانه دانشگاه با حدود از ۴۰۰هزار عنوان کتاب چاپی و ۵۰ هزار مستند الکترونیکی منابع مورد نیاز پژوهشگران را در این مسیر فراهم می‌نماید.
